超時授課鐘點費發放方式困擾學校多時，在本會與全教總努力下，行政院業已同意按週核發。

教育部於101年3月23日函釋回復彰化縣政府詢問中小學專任教師超時鐘點費支給疑義，與94年6月24日會議意旨不符之超時鐘點費發給規定自文到日起停止適用。同年5月21日又函釋超時授課鐘點費之支給以學校行事曆排定之上課週數，按每週排定之超時授課節數計算發給，與當週實際授課情形無涉。
雖然教育部已作如上解釋，但各主管機關與學校端仍不時發生核發方式爭議。這段時間全教總積極與教育部溝通，表述超時授課的樣態與合理的鐘點費發放方式，獲林淑真次長與人事處張秋元處長支持，在全教總強力建議下，教育部將本案呈行政院核決並積極協助爭取。
10月20日行政院核復同意教育部的主張：
1、支給規定：整學期超時授課，按學校行事曆實際排定之授課週數，依每週排定之超時授課節數計算發給。
2、支給基準：比照「公立中小學兼任及代課教師鐘點費支給基準」支給。
本案以行政院機關之高度作了一致性裁定，並以副本知會審計部及主計總處，學校端之爭擾應可不必再因主管機關不同，而有不同的發放標準。

附註：

（1）94年6月24日教育部召開會議研商「中小學兼任及代課教師鐘點費支給基準恢復實施後衍生疑義」會議結論：國中及高中職學校專任教師基本授課時數以外之超時，其鐘點費之支給自94年8月1日起應以學校行事曆排定之上課週數，按每週排定之超時授課節數計算發給；其節數包括適逢國定假日未實際超時授課之節數及學期始（末）未滿一週之超時授課節數。
（2）部分主管機關對發放方式仍有不同意見，98年當時的教育部中部辦公室又以書函發布「國立高級中等學校教師超時授課鐘點費支給原則」，規範未有實際超時授課之事實，不得支給超時授課鐘點費，衍生爭議，造成學校的擾動。教育部應全教會訴求，100年4月18日召開會議研商「國立高級中等學校教師超時授課鐘點費支給原則」相關事宜，決議：回歸94年規定辦理。